Dalam menjalankan aktivitas  lembaga, LPPSLH mempunyai tiga program utama. Ketiga program ini merupakan perwujudan dari spesialisasi atau fokus kerja dari LPPSLH.

Fokus pada pengembangan dan pemberdayaan masyakarat di wilayah perkotaan seperti layanan kesehatan, tempat tinggal layak, kesempatan kerja dan permasalahan sanitasi lingkungan. Program ini berpengalaman dalam konsultasi manajemen perkotaan dan kependudukan, penanggulangan kemiskinan, sanitasi lingkungan, kampanye kesehatan, penguatan organisasi masyakarat sipil, pengembangan infrastruktur dasar dan  penanggulangan HIV AIDS

Sejak  awal didirikan di tahun 1987, LPPSLH mulai melakukan pemberdayaan masyarakat di wilayah pedesaan, terutama dalam pertanian berkelanjutan. Dalam kurun 1998 – 2014 sudah terbukti dalam pengembangan gula semut di wilayah Banyumas. Program ini  berfokus pada penguatan organisasi masyarakat berupa koperasi, pendampingan sertifikasi organik komiditas pertanian, dan penguatan kapasitas petani.

Program penelitian dan pengembangan ini merupakan peran penting sebagai inisiator kajian kapasitas masyarakat, riset partisipasi, dan penguatan metodologi bagi pemberdayaan masyarakat di berbagai aspek kehidupan bermasyarakat. Program LPPSLH ini sudah beberapa kali melakukan kerjasama riset baik dengan pemerintah lokal, akademisi, dan lembaga internasional.